I lavori nella chiesa, avviati nel 2001, hanno preso vigore e consistenza istituzionale grazie alla firma di una innovativa Convenzione tra i diversi Enti interessati a collaborare intorno a questo progetto comune: il Comune di Corinaldo, il Dipartimento di Archeologia dell'Università di Bologna, la Soprintendenza Archeologica per le Marche, la Parrocchia di S. Pietro Apostolo hanno pertanto firmato un documento comune che definisce gli obiettivi del lavoro e stabilisce le reciproche competenze, snellendo di molto ogni fase operativa.

Da allora (primavera 2004) l'Amministrazione Comunale non ha mai fatto mancare il proprio appoggio alle ricerche, finanziando (è bene ricordarlo, all'esterno del contributo dovuto annualmente al Consorzio "Città Romana di Suasa") una autonoma campagna di scavo annuale, che vedeva impegnati 8-10 studenti dell'Università di Bologna, ai quali veniva assicurato vitto e alloggio durante il mese in cui avvenivano le ricerche. La Parrocchia di S. Pietro Apostolo e la locale Contrada, inoltre, hanno sempre appoggiato questa iniziativa, coscienti delle potenzialità culturali di questo sito, perfettamente inserito nel paesaggio rurale di Corinaldo. La Soprintendenza Archeologica, infine, ha sempre favorito le ricerche, sia attraverso l'appoggio fornito a tutte le iniziative proposte sia attraverso il finanziamento dei restauri delle strutture di anno in anno messe in luce.

Il progetto "S. Maria in Portuno" rappresenta, in buona sostanza, un vero e proprio "modello" di lavoro collettivo, una sorta di laboratorio grazie al quale sta emergendo la storia più antica del sito archeologico, si stanno formando numerosi studenti in Archeologia, si sta creando un punto espositivo stabile e, in ultima analisi, si sta generando anche un indotto di tipo economico.

Il sito archeologico, grazie anche ad una serie di pubblicazioni specialistiche, è entrato nel circuito accademico, in virtù delle rilevanti novità da un punto di vista scientifico:

- le preesistenze: la chiesa sorge su un più antico sito di età romana; se in un primo tempo si è "sperato" di veder affiorare i resti di un antico tempio dedicato al dio Portuno (in virtù del singolare toponimo con cui la chiesa è conosciuta a partire dal 1090: S. Maria in Portuno, appunto), i nuovi dati ci indirizzano piuttosto a veder qui una grande villa rustica, sempre di età romana; è emerso, infatti, un cospicuo quartiere industriale, con almeno due fornaci e un grande scarico di tegole e mattoni deformati, certamente scarti di questo tipo di lavorazione.

- la sovrapposizione di chiese: sotto la chiesa attuale esistono molte altre chiese, più antiche; l'edificio primitivo, costruito eliminando parte delle fornaci romane, doveva essere molto più piccolo e con un abside semicircolare; la chiesa fu poi allargata, e diventò a 3 navate, con un abside pentagonale, a 5 lati secondo un uso in voga nella Pentapoli bizantina. Successivamente un grande incendio distrugge buona parte dell'edificio, che viene ricostruito innalzando il pavimento e trasformandolo ad una unica navata, molto simile a come appare oggi.

- il monastero: le ricerche condotte all'esterno della chiesa mostrano, infine, i resti di un grande edificio, che "taglia" tutta una serie di strutture più antiche, per ora di difficile interpretazione. E' probabile che si tratti di un "hospitales", struttura simile ad un ostello, destinata ad accogliere pellegrini e viandanti che circolavano nella valle del Cesano.

Questi, in sintesi, i risultati scientifici dell'operazione "S. Maria in Portuno". Ma non è tutto. Il 20 luglio 2005, grazie anche all'intervento economico della Nuova Lim (Lavorazione Inerti Metauro), è stato possibile allestire 2 percorsi didattici (all'esterno e all'interno della chiesa) e apprestare una sala espositiva, che illustra l'edificio ecclesiastico e i principali ritrovamenti del sito e della valle del Cesano. Contemporaneamente, grazie al prezioso intervento del Soprintendente Archeologo per le Marche, dott. Giuliano de Marinis, è stato possibile avviare una campagna di restauri delle strutture messe in luce: dal 2005, infatti, sia la cripta sia le strutture messe in luce nel saggio all'interno della chiesa sono state restaurate e sono attualmente aperte al pubblico e perfettamente visibili.

E oggi, a poco meno di un mese dalla ripresa degli scavi (18 giugno–13 luglio 2007), viene attivato un nuovo sito internet, dedicato alla chiesa in tutti i suoi aspetti www.santamariainportuno.it : da qui è possibile visitare il sito archeologico, entrare nella chiesa e apprezzare le sue pitture (la grande tela del Ridolfi, gli affreschi della Madonna del Conforto e della Madonna del latte), nonché gli ex voto e tutti i materiali antichi reimpiegati nelle murature della chiesa. Sarà inoltre possibile visitare gli scavi, e apprezzare, grazie ad un cospicuo archivio fotografico, tutte le fasi dei lavori, dei restauri e delle attività della Contrada, alla quale è dedicato uno speciale settore, con tutte le informazioni sul Circolo ACLI e sulle attività della Parrocchia. Nel sito internet si potranno, inoltre, leggere i risultati scientifici, dialogare coi componenti del gruppo di lavoro e anche prenotare una visita guidata, magari in abbinamento ad una escursione a Corinaldo, alla visita dei suoi monumenti, del vicino Parco Archeologico "Città romana di Suasa" e di tutte le altre bellezze di cui è piena la vallata.