La "Fondazione per il Sud" ha finanziato interventi per la manutenzione dell´area archeologica, con restauro dei pregevoli mosaici che costituiscono il pavimento della basilica paleocristiana della quale sono evidenti le fondamenta a parte dei muri esterni e il mosaico strappato dalla sede di ritrovamento e raccolto in un grande pannello esposto all´interno della chiesa; e per il restauro della basilica di S. Maria Maggiore di Siponto dove si procederà al consolidamento della edicola della campanella e del lanternino superiore, alla impermeabilizzazione dell´intera copertura della chiesa e alla sistemazione del sagrato e piazzale antistante.

La "Fondazione per il Sud" è espressione di un gruppo di banche che destinano fondi accantonati a iniziative di promozione della cultura. Il progetto finanziato, denominato "MosaiComEra", è stato presentato dall´Archidiocesi di Manfredonia-Vieste-San Giovanni Rotondo, Fondazione RavennAntica e Consorzio Opus con la partnership della Provincia di Foggia, COTAP, L´Opera - Broadcast videoservice, APT Foggia, Federcultura e Consorzio Icaro.

Il budget previsto per questi interventi, che rientrano nel progetto si aggira sui 600mila euro. Nessuno specifico lavoro riguarda la Cripta sottostante la Basilica che negli ultimi anni è soggetta ad allagamenti che si verificano in occasione dei temporali. Di tale problematica è stato messo a conoscenza anche Mons. Michele Castoro che per risolvere la questione auspica e sollecita un interessamento della Regione Puglia e della Provincia di Foggia.